Dua stasiun di Jakarta akan dirombak besar-besaran agar bisa menampung kapasitas yang lebih besar. Dua stasiun tersebut adalah Stasiun Tanah Abang dan Stasiun Manggarai.
Stasiun Tanah Abang akan dipindahkan menuju eks Depo Tanah Abang yang jaraknya hanya 500 meter dari stasiun saat ini. Nantinya, Stasiun Tanah Abang akan berdiri di atas tanah seluas 4 hektare.
Jalur KRL Stasiun Tanah Abang akan menambah lintasan dari empat menjadi enam jalur. Jalur ini akan diproyeksikan ke lintasan-lintasan yang ada agar menjadi relatif lebih ringan. Nantinya, penumpang bisa masuk dari dua arah stasiun untuk naik KRL.
Sementara itu, Stasiun Manggarai akan diproyeksikan menjadi stasiun super karena akan sangat besar dan akan banyak jalur keluar-masuk di stasiun ini.
Manggarai akan menjadi stasiun sentral di Jakarta dan disulap secara bertahap menjadi stasiun dengan kapasitasi sangat besar. Stasiun ini akan melayani banyak jadwal kereta.