Pondok Pesantren Al-Zaytun mendapat kucuran alokasi dana miliaran rupiah per tahun dari Kementerian Agama pusat. Dana tersebut merupakan bantuan operasional sekolah (BOS) karena ponpes yang dipimpin Panji Gumilang tersebut sekolah yang legal.
Menurut Plh Kakanwil Kemenag Jabar, Ali Abdul Latief, BOS diberikan kepada siswa madrasah yang belajar di sana. Setiap siswa mendapat bantuan Rp1,2 juta dalam satu tahun anggaran.
Dengan sejumlah kontroversinya, Al-Zaytun masih menerima santri baru dalam PPDB 2023. Karena itu, Kementrian Agama Jawa Barat akan mengevaluasi kurikulum yang diajarkan ponpes tersebut.
